NGS-test veelbelovend voor testen van uitgangsmateriaal

De NGS-test kan meerdere ziektekiemen tegelijk opsporen in uitgangsmateriaal. Dat is een voordeel ten opzichte van de veelgebruikte PCR-test. NGS is een veelbelovende techniek, blijkt uit onderzoek.Het vroegtijdig opsporen van ziekteverwekkers, aaltjes en insecten in uitgangsmateriaal is van levensbelang voor een exportnatie als Nederland. Nieuwe moleculaire technieken kunnen daarbij helpen, zoals de NGS-techniek (Next Generation Sequencing). Daarom heeft een projectgroep van Wageningen UR, de NVWA en keuringsdiensten NAK, BKD en NAK-tuinbouw onderzoek gedaan naar de mogelijkheden om NGS toe te passen bij het testen van pootaardappelen, bollen en ander plantaardig uitgangsmateriaal op de aanwezigheid van ziekteverwekkers. Hun conclusie is positief: NGS is een veelbelovende techniek die voordelen biedt boven de veelgebruikte PCR-test. Maar er moeten nog wel wat hobbels worden genomen.DNA-volgorde moet bekend zijnEen NGS-apparaat zoekt naar DNA van ziekteverwekkers in monsters van uitgangsmateriaal. DNA bestaat uit vier bouwstenen die worden afgekort met hun beginletters: A, G, C en T. Ieder DNA, ook van ziekteverwekkers, heeft een unieke volgorde van deze letters. De NGS-methode meet de volgorde van de letters. Daardoor kan een ziektekiem met 100% zekerheid worden geïdentificeerd, mits die DNA-volgorde bekend is.De NGS-methode heeft een aantal voordelen, zegt Peter Bonants, teamleider bij Wageningen Plant Research. “NGS-apparaten kunnen een grote hoeveelheid DNA-sequentiedata genereren tegen een lage kostprijs. Daarnaast kun je met NGS meerdere ziektekiemen tegelijk opsporen. Dat is een groot voordeel ten opzichte van de PCR-test die zich richt op één bepaalde ziektekiem.” Onderzoek neemt meer tijd in beslag“Het nadeel van NGS is dat het onderzoek meer tijd in beslag neemt dan bij de PCR-test. Met een uitgebreide DNA-databank kunnen we die tijd verkorten. Als je de DNA-volgorde van ziekteverwekkers in een databank hebt, krijg je met de juiste software sneller een uitslag. Wij konden dit binnen ons project bij een aantal ziektekiemen terugbrengen tot 25 uur. Bij PCR heb je direct een uitslag. Het voordeel van zowel PCR als NGS is dat er geen vals-positieve uitslagen zijn. Als het DNA van een ziektekiem is vastgesteld, dan zit dat organisme altijd in het monster.”Onderzoeksproces moet nog worden gevalideerdDe projectgroep heeft een DNA-databank aangelegd voor ziektekiemen in pootaardappelen. Bonants: “In een vervolgproject gaan we de NGS-methode toepassen op DNA van meerdere bacteriën van dezelfde soort.”Er moeten nog wel wat hobbels worden genomen voor de NGS-methode volop in de praktijk kan worden toegepast, zegt Bonants. “Het hele onderzoeksproces moet nog worden gevalideerd. Daarbij wordt het onderzoeksprotocol nauwkeurig vastgelegd. Daarover gaan we in Nederland in oktober met elkaar praten en in november volgt een Europese bijeenkomst. Het onderzoek naar de NGS-methode startte in 2013 en is uitgevoerd in een project dat mede is gefinancierd via de Topsector Tuinbouw & Uitgangsmaterialen. Wij zijn blij met dit topsectorproject. Nederland loopt voorop met de ontwikkeling van de NGS-methode. Dat helpt mee de toppositie van Nederland op de markten voor uitgangsmateriaal te verstevigen.”